Der Ursprung des Baus der dominanten Burg stammt aus dem Mittelalter und ist in Volksmund als die "Burg des Schiffes" wegen ihrer länglichen Form und des Turms, welcher an die Form eines Segelbootes erinnert, bekannt. Rund um das Jahr Tausend, wurde das Dorf Besitz der Grafen Guidi, die das Schicksal Vincis bis zum 12. August 1254 lenkten, als die Stadt durch die Florentiner erobert worden ist. Über viele Jahrzehnte wurde Vinci von den Feinden von Florenz belagert und bekämpft und erlebte direkt die vielen turbulenten Machtkämpfe, welches das politische Leben der Hauptstadt Florenz plagt, mit.
In Anchiano, 15. April 1452 wurde Leonardo in Vinci geboren – deshalb sein Name Leonardo da Vinci - und verbrachte die Jahre seiner Kindheit dort.
Das Museum, welches zu Ehren von Leonardo geöffnet wurde, ist in zwei Gebäuden unter gebracht. Der erste Teil der Ausstellung befindet sich im Palazzo Uzielli gleich bei der malerischen Piazza dei Guidi gelegen und illustriert uns die Studien von Leonardo. Der restliche Teil der Ausstellung ist im mittelalterlichen Schloss der Grafen Guidi untergebracht